D'après l'Organisation mondiale de la Santé, le top 3 des causes de mortalité dans le monde regroupe les maladies cardiovasculaires, les maladies respiratoires, les cancers. Ces pathologies surviennent dans le contexte des changements sociétaux majeurs et des modes de vie ainsi que du vieillissement. Les maladies métaboliques (obésités, diabètes) ou liées à la nutrition jouent un rôle déterminant dans la progression de ces pathologies chroniques qui se développent autant dans les pays industrialisés que dans les pays en transition économique. On y attribue le rôle de facteurs environnementaux multiples agissant en interaction avec notre biologie (génétique et épigénétique). La dimension nutritionnelle n’est pas toujours abordée dans ces maladies chroniques. Cependant depuis une dizaine d’années, la contribution du microbiote a été mise en avant dans un très grand nombre de ces pathologies chroniques aboutissant à un "tsunami" de publications scientifiques, relayées dans les médias. Associés à cette couverture médiatique importante et un engouement dans la population, on voit apparaître un grand nombre de produits vendus comme agissant sur le microbiote intestinal sans que les éléments scientifiques soient toujours convaincants. On peut prévoir des développements thérapeutiques nouveaux dans un proche avenir mais il est nécessaire de bien connaître la situation scientifique, et ce que l’on peut en attendre au niveau thérapeutique.